雙孢蘑菇的主要營養源來自秸稈和糞肥。秸稈可以為稻草、大麥草及其他禾本科莖葉等，另外苜蓿莖稈、玉米芯、甘蔗渣、小麥稈、棉籽殼等都可以。

以上原料都要求新鮮、無腐爛、霉變。多年來雙孢蘑菇生產所用秸稈仍以稻草和大麥為主。而我國地域差別大，各種秸稈都被浪費在食用菌產業蒸蒸日上之際，廣大食用菌科研和生產者研究和開發出多種栽培配方，主料的變化層出不窮。雙孢蘑菇正向多樣化的栽培發展。棉籽殼產量大的省，現已研究出棉籽殼生產雙孢蘑菇的高新技術，且比稻草料栽培產量更高。玉米秸稈雙孢蘑菇栽培技術的成本低，取料方便。配料簡單，而其生物學效率也很高。

東北地區有大量的玉米秸稈和水稻秸稈，可以因地制宜很好的利用這些原料和技術，用低廉的成本換取高額的回報。